Denominacje Somalijczycy są prawie wyłącznie muzułmanami sunnickimi i wyznają szkołę prawa Shafii. W późniejszych latach pojawili się także niektórzy zwolennicy wahabickiej (Hanbali) szkoły prawa, a także pewne wpływy szyickie. Trudno ocenić, w jakim stopniu te formy islamu zyskują na popularności ze względu na wojnę domową. Niemuzułmańscy Somalijczycy są stosunkowo nieliczni. Populacja chrześcijan liczy około tysiąca osób; wielu z nich uczęszczało do szkół prowadzonych przez włoskich katolików lub północnoamerykańskich mennonitów. Jednakże chrześcijańskie ruchy misyjne w ogóle nigdy nie zdobyły większego przyczółka w krajuDavid Westerlund, Ingvar Svanberg, "Islam outside the Arab world", str. 41. W Somalii istnieją również niewielkie grupy osób wyznających hinduizm, buddyzm i judaizm, a także osoby niereligijne, jednak ich liczebność nie jest dokładnie znana.