Węzłowe problemy historii miejsca, polityki pamięci i edukacji o Auschwitz w latach 1945-1999.
Zaraz po studiach rozpoczął pracę w Wyższej Szkole Pedagogicznej w Krakowie (obecnie: Uniwersytet Komisji Edukacji Narodowej). Najpierw pracował na stanowisku asystenta w Zakładzie Dydaktyki Historii a potem (od 2000 r.) adiunkta w Katedrze Edukacji Historycznej. Od 2020 roku jest profesorem uczelni w Instytucie Historii i Archiwistyki Uniwersytetu Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie. Przez pierwsze 7 lat pracę na uczelni łączył z pracą w szkole podstawowej i średniej. W latach następnych, okresowo pracował także jako wykładowca w Centrum Badań Holokaustu Uniwersytetu Jagiellońskiego i Uniwersytecie Papieskim Jana Pawła II w Krakowie. Od 2006 r. współpracuje z Międzynarodowym Centrum Edukacji o Auschwitz i Holokauście w Państwowym Muzeum Auschwitz-Birkenau w Oświęcimiuhttps://www.auschwitz.org/kontakt/dr-piotr-trojanski,10.html., gdzie pełni funkcję doradcy akademickiego.
W Uniwersytecie Komisji Edukacji Narodowej pełnił szereg funkcji kierowniczych.