W tym czasie ożenił się Ireną z Rdułtowskich, z którą miał dwoje dzieci – Barbarę i Jana. W 1939 został zmobilizowany na wojnę, jednak jego jednostkę bardzo szybko rozwiązano. Po kampanii wrześniowej przedostał się do Warszawy i w okolice Grójca, tam spędził całą okupację. Pracował w Radzie Głównej Opiekuńczej oraz w Polskim Czerwonym Krzyżu. W tym czasie, w 1940, cała jego rodzina została zesłana na Syberię. Udało im się nawiązać kontakt listowny, spotkali się razem po wojnie, w 1946. Zamieszkali w Gdańsku-Wrzeszczu. Otton podjął pracę w zaopatrzeniu budowlanym, Urzędzie Ziemskim, następnie w Centrali Rybnej. W 1948 na zaproszenie historyka profesora Lorentza przeprowadził się do Fromborka, by objąć tam funkcję pierwszego kierownika muzeum im. Mikołaja Kopernika. Kierownikiem muzeum został mianowany w czerwcu tego roku. Na siedzibę wybrano ocalały budynek kanonii pod wezwaniem Matki Boskiej Wniebowziętej. Dzięki jego staraniom uroczyste otwarcie muzeum nastąpiło już 5 września 1948 roku. Połączone zostało ze zjazdem Związku Historyków Sztuki i Kultury oraz delegatów Związku Muzeum w Polsce. Muzeum urządzono w ośmiu salach na parterze i na pierwszym piętrze budynku kanoniiEdmund Kurowski Dzieje Fromborka. Historia miasta do 1998 r., Frombork 2000, s. 157.