17 września 2015 został zawieszony w prawach członka Prawa i Sprawiedliwości przez prezesa Jarosława Kaczyńskiego w związku z doniesieniami złożonymi do prokuratur rejonowych w Chełmnie i Włocławku dotyczącymi jego życia osobistego. Tego samego dnia ogłosił rezygnację z członkostwa w partii, jednak ostatecznie jej nie złożył i podtrzymał decyzję o kandydowaniu z listy PiS w wyborach do Sejmu w 2015. W wyborach tych uzyskał ponownie mandat poselski, otrzymując 8949 głosów. Został dopuszczony przez Jarosława Kaczyńskiego do klubu parlamentarnego PiS, a w czerwcu 2016 przywrócono go w prawach członka partii.
We wrześniu 2016 jego żona Monika Zbonikowska wystąpiła o wyrażenie zgody przez Sejm na pociągnięcie go do odpowiedzialności karnej w związku z naruszeniem jej nietykalności osobistej. 13 grudnia 2016 Komisja Regulaminowa, Spraw Poselskich i Immunitetowych zarekomendowała Sejmowi przyjęcie wniosku o uchylenie mu immunitetu. Tego samego dnia Łukasz Zbonikowski sam zrzekł się immunitetu. W sierpniu 2017 w Sądzie Rejonowym w Chełmnie rozpoczął się jego proces karny z oskarżenia prywatnego żony, która twierdziła, że we wrześniu 2015 i lipcu 2016 użył wobec niej przemocy fizycznej.