16 lipca 2012 media ujawniły nagranie rozmowy między byłym prezesem ARR Władysławem Łukasikiem i prezesem kółek rolniczych Władysławem Serafinem, w której pierwszy z nich sugerował m.in. nepotyzm i niegospodarność w spółkach Skarbu Państwa, jakich mieli się dopuszczać działacze PSL uznawani za związanych z Markiem Sawickim. Marek Sawicki odrzucił te zarzuty, domagając się postępowań celem ich wyjaśniania i zapowiadając złożenie dymisji, co uczynił 18 lipca 2012. 26 lipca 2012 został odwołany przez prezydenta Bronisława Komorowskiego ze stanowiska ministra rolnictwa i rozwoju wsi. 14 marca 2014 Naczelny Komitet Wykonawczy Polskiego Stronnictwa Ludowego zatwierdził jego kandydaturę na stanowisko ministra rolnictwa i rozwoju wsi. 17 marca 2014 objął po raz drugi ten urząd w drugim rządzie Donalda Tuska.
22 września 2014 ponownie powołany na ten urząd w rządzie Ewy Kopacz. W 2015 z powodzeniem ubiegał się o poselską reelekcję (dostał 11 892 głosy). 16 listopada 2015 zakończył pełnienie funkcji ministra. W Sejmie VIII kadencji został wiceprzewodniczącym Klubu Parlamentarnego PSL, a następnie (w lutym 2018) Klubu Poselskiego PSL-UED.