W 1973 roku klub, po zmianie nazwy uczelni już jako Asociación Deportiva Filial Club de Fútbol Universidad de Costa Rica (ADFCF UCR), powrócił do pierwszej ligi kostarykańskiej. Skład drużyny stanowili wówczas studenci, pracownicy naukowi i personel uniwersytetu. W 1977 roku UCR ponownie spadł do drugiej ligi. W 2002 roku klub ze względu na wymogi Kostarykańskiego Związki Piłki Nożnej zmienił formę działalności na stowarzyszenie prywatne. W 2007 roku UCR po 30 latach przerwy powrócił na najwyższy szczebel rozgrywek i występował na nim w latach 2007–2011.
W 2013 roku UCR ponownie awansował do kostarykańskiej Primera División. Niedługo potem klub stopniowo popadł jednak w problemy organizacyjne. W 2017 roku Henning Jensen, rektor Universidad de Costa Rica, ogłosił wypowiedzenie porozumienia o współpracy z klubem ze względu na przekazanie administrowania zespołem kolumbijskiemu przedsiębiorstwu Con Talla Mundial bez poinformowania władz uczelni oraz niedotrzymanie umowy w kwestii sprawozdań finansowych. Tym samym klub UCR przestał otrzymywać finansowanie ze środków uczelni, nie mógł już używać dotychczasowej nazwy i korzystać z uczelnianych obiektów (w tym z Estadio Ecológico).