Jego żonami były: Nubunet, która stała się inicjatorką spisku haremowego przeciwko swojemu mężowi i o której procesie wspomina autobiografia dworzanina Uni, Anchnesmerire I, z którą miał syna Merenre I i córkę Neit, później małżonkę Pepiego II, brata przyrodniego Neit, Anchnesmerire II, matka Pepiego II. Obie królowe Anchnesmerire były córkami górnoegipskiego dostojnika, przypuszczalnie nomarchy z Abydos. Pepi poślubił Anchnesmerire II po śmierci swojej żony i starszej siostry nowej królowej. Niektórzy sądzą, że imiona Chui i Nebet były imionami pierwotnymi sióstr, używanymi przez nie do czasu zamążpójścia i przybrania dworskiego imienia Anchnesmerire (Schneider). Inni uważają, że Chui było imieniem ojca sióstr, ślub z jego córkami był wyrazem wdzięczności dla dostojnika, który pomógł odzyskać władzę prawowitemu władcy (Kwiatkowski). Mocne powiązania między domem panującym a rodziną arystokraty z Abydos potwierdza również fakt powierzenia godności wezyra jego synowi o imieniu Dżau.