Podczas okupacji niemieckiej w czasie II wojny światowej Janina Kajtoch działała w ruchu oporu. Wstąpiła do Związku Walki Zbrojnej przekształconego później w Armię Krajową, przyjmując pseudonim „Skała”I. Rup-Staroń, Janina Kajtoch postać niezwykła, Bieruń 2009, s. 127.. Prowadziła tajne nauczanie dla dzieci z Babic i Oświęcimia. Po wysiedleniu z Babic w kwietniu 1941 wraz z rodzicami wyjechała do Grojca, gdzie zamieszkała u kuzynki Stefanii Lacheta. W jej domu kontynuowała potajemne lekcje. Brało w nich udział 14 dzieci z Grojca, Osieka i Czajek.
Była inicjatorką i organizatorką akcji niesienia pomocy więźniom KL Auschwitz pracującym poza obozem. Dostarczała im jedzenie, lekarstwa, odzież, umożliwiała kontakt z rodzinami, przesyłała grypsyI. Rup-Staroń, Janina Kajtoch postać niezwykła, Bieruń 2009, s. 60–61.. Wraz z Zygmuntem Urbańczykiem z Osieka i Walentym Chowańcem z Grojca pomagała w organizowaniu ucieczek. Dzięki ich zaangażowaniu 29 grudnia 1942 z obozu zbiegli: Jan Komski (w obozie Baraś), Bolesław Kuczbara, Mieczysław Januszewski oraz Niemiec Otto KüselI. Rup-Staroń, Janina Kajtoch postać niezwykła, Bieruń 2009, s. 81–82..