Jednak sekcja męska Eendrachtu Aalst doświadczyła problemów finansowych i w 2002 roku ogłosiła upadłość. Dla kobiecej drużyny oznaczało to koniec wielkich sukcesów. Ostatecznie klub został uratowany przed upadkiem i futbol mógł być kontynuowany w Aalst, pod nową nazwą VC Eendracht Aalst 2002. Na początku 2003 roku wielu zwolenników założyło grupę "Dames Eendracht Aalst". Zespoły kobiece odłączyły się od VC Eendracht Aalst w 2002 roku i kontynuowały działalność niezależnie w nowym klubie, który dołączył do Belgijskiego Związku Piłki Nożnej jako VC Dames Eendracht Aalst w czerwcu 2003 roku i otrzymał numer rejestracyjny 9447, kontynuując występy w Eerste Klasse.
W 2008 roku klub zakończył jednak swoją działalność w najwyższej klasie rozgrywkowej i rozpoczął występy w rozgrywkach ligi prowincjonalnej. W 2010 roku został mistrzem prowincji i wygrał rundę finałową, dzięki czemu awansował do krajowej Derde Klasse (D3). W 2012 roku klub został mistrzem grupy A Derde Klasse, zdobywając bezpośredni awans do Tweede Klasse. W sezonie 2012/13 startowała nowoutworzona Women's BeNe League, w której doszło do połączenia belgijskiej First Division i holenderskiej Eredivisie, wskutek czego poziom Tweede Klasse spadł o jeden poziom niżej.