Po 1989 organista kościoła św. Jacka Janusz Dudziński i organista kościoła Mariackiego w Stralsundzie odnaleźli niemiecką dokumentację organów sprzed 1681, zawierającą informacje o budowniczych i pierwotnej dyspozycji (instrument miał wówczas 36 głosów rozmieszczonych w czterech zespołach brzmieniowych i 3 manuały). W 1995 Dudziński założył Stowarzyszenie Rekonstrukcji Organów Kościoła Zamkowego w Słupsku, którego celem było przywrócenie instrumentu do stanu zgodnego z projektem pierwszego budowniczego – Paula Fischera. Dużą rolę w pozyskaniu funduszy odegrał mieszkający w Fassbergu pastor i organista Joachim Schwarz. Rekonstrukcja organów zakończyła się 16 czerwca 2002. Zakończoną 16 czerwca 2002 renowację organów przeprowadził warsztat organmistrzowski Zdzisława Mollina z Odry. Od tamtego czasu organy służą celom liturgicznym, edukacyjnym i koncertowym, a w kościele św. Jacka od 1983 odbywa się cyklicznie Festiwalowi Muzyki Organowej i Kameralnej w Słupsku.