Budowę Festung Warschau utrudniał również fakt, że Niemcy usiłowali zrealizować jednocześnie cele militarne, tj. przekształcić Warszawę w silny punkt oporu, jak i polityczne – tj. unicestwić polską stolicę. Przekładało się to m.in. na chaos kompetencyjny. Komendant twierdzy podlegał bowiem w sprawach budowy i zaopatrzenia dowódcy saperów 9 Armii, pod względem taktycznym, jako dowódca Dywizji Fortecznej – dowódcy XXXXVI KPanc., a w dodatku w sprawach związanych z niszczeniem i ewakuacją miasta musiał współpracować z Dowódcą SS i Policji na dystrykt warszawski. Generał Eisenstuck zeznawał po wojnie, że deficytowe amunicja, benzyna i materiały wybuchowe zamiast do budowy i zaopatrzenia Festung Warschau były używane do niszczenia miastaSzymon Datner, Kazimierz Leszczyński: Zbrodnie okupanta w czasie powstania warszawskiego..., wyd. 1962, s. 357.. W dodatku poprzez wyburzenia i podpalenia pozbawiano garnizon twierdzy kwaterSzymon Datner, Kazimierz Leszczyński: Zbrodnie okupanta w czasie powstania warszawskiego..., wyd. 1962, s. 359., a jej pozycje obronne – osłonyStanisław Kopf: Wyrok na miasto, wyd. 2001, s. 92, 104..