Od tej pory jednak nastąpił regres. Tarpley wdał się w problemy z narkotykami, a Aguirre, Perkins i Schrempf zostali sprzedani. Zespół w latach 90. stał się czerwoną latarnią ligi. Zaledwie rok po uzyskaniu znakomitego wyniku 47-35 w sezonie 1989-1990 zespół stoczył się do bilansu 28-54. Później było jeszcze gorzej – 22-60 w 1992 i 11-71 w 1993 (drugi najgorszy wynik w historii ligi). Udane wybory w draftach w następnych latach przyniosły młodych, przebojowych zawodników – Jima Jacksona, Jamala Mashburna i w końcu Jasona Kida w 1994. Trio „The Tree Js” w połowie lat 90. znacząco zmieniło oblicze zespołu – w sezonie 1995-1996 drużyna wygrała dwukrotnie więcej spotkań niż w poprzednim. Był to jednak krótkotrwały zryw. Mimo znakomitej gry Kidda (w 1995 Rookie of the Year, w 1996 pierwszy występ zawodnika Mavericks w Meczu Gwiazd) i Jacksona, brak wsparcia ze strony pozostałych graczy spowodował ponowny spadek. Don Carter zdecydował wtedy o sprzedaży zespołu grupie inwestorów, z synem słynnego Rossa Perota na czele.