Struktura organizacyjna W skład ministerstwa wchodzi Gabinet Polityczny Ministra oraz następujące komórki organizacyjne..: Departament Budżetu i Finansów Departament Cyfryzacji i Bezpieczeństwa Departament Energii Jądrowej Departament Funduszy Europejskich i Spraw Zagranicznych Departament Górnictwa i Hutnictwa Departament Komunikacji Departament Prawny Departament Ropy, Gazu i Gospodarki Wodorowej Biuro Dyrektora Generalnego i Administracji Biuro Ministra Biuro Obsługi Pełnomocnika Rządu do spraw Strategicznej Infrastruktury Energetycznej.
Organ nadzorowany przez ministra: Prezes Wyższego Urzędu Górniczego
Jednostki organizacyjne nadzorowane przez ministra.: Centralne Laboratorium Ochrony Radiologicznej Główny Instytut Górnictwa – Państwowy Instytut Badawczy Instytut Chemii i Techniki Jądrowej Instytut Fizyki Plazmy i Laserowej Mikrosyntezy im. Sylwestra Kaliskiego Instytut Techniki Górniczej KOMAG Instytut Technologii Paliw i Energii Narodowe Centrum Badań Jądrowych „Poltegor-Instytut” Instytut Górnictwa Odkrywkowego „Zakład Unieszkodliwiania Odpadów Promieniotwórczych – Przedsiębiorstwo Państwowe”