Kariera szkoleniowa W 2000 roku został asystentem swojego dawnego kolegi z drużyny narodowej Mortena Olsena w reprezentacji Danii. Wspólnie awansowali do drugiej rundy Mistrzostw Świata 2002, w której Duńczycy ulegli 0:3 Anglii. Po tym turnieju Laudrup podjął samodzielną pracę szkoleniową w Brøndby IF.
Pożegnał się ze starszymi piłkarzami i oparł szkielet drużyny na niedoświadczonych graczach, często sprowadzonych z niższych lig. Dzięki temu wypromował wielu młodych, utalentowanych zawodników, którzy obecnie grają już w reprezentacji. Najpierw dwukrotnie zajął z Brøndby drugie miejsce w lidze, a w 2005 roku zdobył dublet – mistrzostwo i Puchar kraju.
Po tym jak władze klubu w maju 2006 roku zaproponowały mu prolongowanie kontraktu tylko o rok podał się do dymisji.
W 2007 roku po odejściu Bernda Schustera do Realu Madryt został zatrudniony na stanowisku szkoleniowca w drużynie z okolic Madrytu – Getafe CF. W sezonie tym dotarł z Getafe do ćwierćfinału PUEFA (remis z Bayernem w dogrywce 3-3).
2 czerwca 2008 roku został szkoleniowcem Panathinaikosu Ateny.
2 lipca 2010 roku został nowym szkoleniowcem RCD Mallorca. 27 września 2011 został zwolniony z funkcji trenera RCD Mallorca.