Wieś wymienia Liber beneficiorum archidiecezji gnieźnieńskiej spisany przez Jana Łaskiego w XVI wieku. W 1511 mieszkańcy płacili arcybiskupowi dziesięcinę z 2,5 łana, po wiardunku oraz mierze żyta i owsa z kolejnego 1,5 łana. W 1518 wieś liczyła 2 łany. W 1552 mieszkało w niej 6 kmieci. Odnotowano wówczas 3 i 1/8 łana sołtysiego oraz dwa stare młyny oraz inne nowe jeszcze nie oddane do użytku. W 1552 na 7 częściach wsi siedziało 10 właścicieli. W 1553 część J. Wolickiego liczyła 2 łany. W 1520 pleban miał we wsi 2 łany. Do kościoła należało także 2,5 łana opuszczonego.
Bardzo ważną rolę w życiu Komornik odgrywał folwark i dwór. Jak wynika z danych zawartych w Słowniku Geograficznym Królestwa Polskiego z 1887 r. gospodarstwo folwarczne z realnościami: Stanisławów, Zmyślona i Kobierzec, było starannie prowadzone. Właścicielami Komornik wówczas była rodzina Bąkowskich, do czasu kiedy po rewolucji w 1905 r. ostatni dziedzic majątku zaangażowany w działalność konspiracyjną, obawiając się prześladowań w czasie reakcji Stołypina, popełnił samobójstwo. Po jego śmierci żona, nie mogąc dać sobie rady z majątkiem i nie uzyskawszy zgody władz na parcelację, sprzedała go Żydom i wyprowadziła się do Skomlina.