Jej znaczenie jako tzw. szkoły granicznej było dla ówczesnych władz RP bardzo ważne. Stanęła ona w miejscu, do którego teoretycznie wszystkim uczęszczającym do niej dzieciom było najbliżej.
Nieznane karty historii 1 września 1939 roku w Komornikach na drodze Pasternik – Lipie został zabity niemiecki żołnierz. Według relacji nieżyjącego już świadka, 1 września w godzinach porannych od strony Lipia do Pasternika przyjechało dwóch niemieckich żołnierzy na motocyklu. Zatrzymali się przed sklepem Koźlaka i próbowali z mieszkańcami rozmawiać po niemiecku. Po kilkunastu minutach zawrócili w kierunku Lipia. Kiedy minęli zabudowania, od strony sierocińca padły strzały, oddane prawdopodobnie przez żołnierzy Wojska Polskiego. Żołnierz siedzący z tyłu – trafiony, spadł z motocykla – zginął na miejscu. Było to w połowie drogi między Pasternikiem a lasem w kierunku Lipia. Żołnierz został pochowany na miejscu swej śmierci, a niedługo potem ekshumowany. Został pochowany na cmentarzu w Komornikach, gdzie do 1980 roku jego grób honorowany był jako grób nieznanego żołnierza.