Santo Tomas był pierwszym biskupem rezydującym w Mozambiku. Dotychczas tutejszy Kościół miał własnych administratorów, mianowanych przez arcybiskupów Goa w Indiach, którym także podlegał we wszystkich aspektach wymagających święceń biskupich. Kuria w Goa prowadziła także rekrutację misjonarzy dla Mozambiku. Ustanowienie biskupa-rezydenta w dużym stopniu usamodzielniło mozambicki Kościół od Goa.
Podczas swojego pontyfikatu Santo Tomas starał się poprawić warunki misji i zalecił naukę katechizmu w lokalnych językach. W kwestiach społecznych-politycznych sprzeciwiał się niewolnictwu i handlowi ludźmi w regionie, interweniując w tej sprawie u królowej Marii I i grożąc ekskomuniką osobom zajmującym się tym procederem oraz czuwał nad poszanowaniem praw jurysdykcyjnych hierarchii kościelnej przez urzędników cywilnych. Problemem dla jego misji były niestabilna władza portugalskich władz, duże niedobory duchownychW 1797 bp Santo Tomas informował, że w prałaturze służy piętnastu proboszczów pochodzących z archidiecezji Goa, a potrzeba jeszcze 30 księży, gdyż mimo starań podejmowanych w Portugalii i w Goa, nie było chętnych ze