Uprawnienia przewodniczącego Komisji Przewodniczącemu Komisji Nadzwyczajnej służyło prawo powoływania za pośrednictwem władzy przełożonej do prac Komisji Nadzwyczajnej urzędników i funkcjonariuszy państwowych, w tym: oficerów służby czynnej, pracowników instytucji państwowych i przedsiębiorstw, urzędników Banku Polskiego, kontrolerów Najwyższej Izby Kontroli, sędziów i prokuratorów;
Zlecenia członkom Komisji i osobom, powołanym do prac w Komisji, czynności związanych z wykrywaniem i dochodzeniem następowało zgodnie rozporządzeniem.
Postanowienia Komisji Nadzwyczajnej zapadały większością głosów przy obecności co najmniej trzech osób wchodzących w jej skład.
Badane sprawy przez Komisję Komisja Nadzwyczajna przystępowała do badania spraw: przekazanych jej przez Prezesa Rady Ministrów lub Kolegium Najwyższej Izby Kontroli; z inicjatywy własnej, gdy posiadane przez Komisję materiały pozwalały przypuszczać karygodne naruszenie interesów Państwa.
Komisja nadzwyczajna decydowała o wszczęciu śledztwa w poszczególnych sprawach, według ustaw obowiązujących na poszczególnych obszarach prawnych sędziego śledczego i właściwego prokuratora.