Samolot miał klasyczną, drewnianą konstrukcję płatów i usterzenia z pokryciem płóciennym, z kadłubem i pływakami krytymi sklejką.
Zbudowano trzy prototypy samolotu Hansa-Brandenburg W.16, które otrzymały numery 1077–1079, nadane przez Kaiserliche Marine. Pierwszy z nich oblatano w lutym 1917 roku. Jak wynika z raportu z 15 maja 1917 roku wszystkie trzy egzemplarze W.16 znajdowały się w bazie lotnictwa morskiego w Warnemünde. Maszyna o numerze 1078 w listopadzie 1919 roku znajdowała się w zakładzie naprawczym w Hage. W zachowanych dziennikach wojennych nie znaleziono dotychczas żadnych zapisów dotyczących lotów tych samolotów.
Ostatecznie nie podjęto produkcji seryjnej tego modelu, ze względu na brak poprawy osiągów w stosunku do KDW (identyczna mimo mniejszej masy płatowca prędkość maksymalna i niższa prędkość wznoszenia na wysokościach powyżej 1000 metrów) oraz skonstruowanie udanego dwumiejscowego myśliwca Hansa-Brandenburg W.12.