Forma narracji ulega zmianie w momencie przeskoku czasowego, gdy Harry przestaje być niemowlęciem, a zaczyna być dziesięciolatkiem. Od tej pory historia jest opowiadana z jego punktu widzenia, a narrator wyraża jego myśli, uczucia i spostrzeżenia. Przykładowo Dursleyowie, którzy wcześniej opisywani byli jako pan i pani Dursley, od teraz są nazywani wujem i ciotką. Kolejna zmiana formy następuje w momencie przeniesienia akcji ze świata niemagicznego do magicznego. Od tej pory narrator opowiada z punktu widzenia czarodziejów, a przedstawicieli społeczności niemagicznej zaczyna nazywać mugolami. Według teoretyczki literatury Claudii Fenske prowadzi to do powiększenia dystansu czytelnika od świata niemagicznego.
Struktura W ocenie Fenske Harry Potter i Kamień Filozoficzny opiera się na dwóch równolegle prowadzonych osiach fabuły. Pierwsza z nich skupia się wokół historii detektywistycznej, dotyczącej zagadki kamienia filozoficznego, dla której tłem jest życie szkolne bohaterów. Jako że problem kamienia jest rozwiązany, ze względu na tę oś powieść ma zamkniętą kompozycję. Klamrą pomiędzy jej rozpoczęciem a zakończeniem stanowią letnie wakacje u Dursleyów, podczas których powieść się rozpoczyna i, rok później, kończy. Według tej samej konwencji utrzymane są późniejsze części cyklu Harry Potter.