Historia Pierwsze organy w kościele śś. Janów zbudował franciszkanin brat Bartłomiej (frater Bartholomaeus) w 2. połowie XV wieku. Informacja o nich pochodzi z 1479. Umiejscowione były w nawie głównej na emporze położonej około 5 metrów wyżej od obecnej. 15 sierpnia 1479 poświęcił je ówczesny proboszcz parafii, kanonik chełmiński i warmiński Hieronim Waldau.
W połowie XVII wieku (wg akt wizytacyjnych biskupa Andrzeja Olszowskiego z lat 1667–1672), oprócz organów Bartłomieja, w kościele znajdowały się mniejsze organy umieszczone przy wschodniej ścianie nawy północnej, nad ołtarzem św. Rozalii.
W 1688, w miejsce małego instrumentu w nawie północnej, organmistrz Mateusz Brandtner zbudował na wielobocznym chórze muzycznym większe, barokowe organy. Należały do Bractwa św. Benona (Bractwa Niemieckiego).