14 grudnia 1983 przywrócone do grywalności organy boczne zabrzmiały ponownie i zostały poświęcone przez księdza kanonika dr. Edwarda Hinza – ówczesnego dyrektora do spraw muzyki kościelnej byłej diecezji chełmińskiej w Pelplinie. 25 sierpnia 1985 dr. Feliks Rączkowski z Warszawy grał na nich inaugurując cykliczne Świętojańskie Koncerty Organowe. 10 września 1986 zachodnioniemiecka firma Musikproduktion Dabringhaus und Grimm nagrała płytę z muzyką w wykonaniu dr. Jana Jancy – organisty i organologa z Tybingi – Orgellandschaft Danzig Westpreussen, zawierającą utwory dawnych mistrzów.
W latach 90., wcześniejszymi staraniami ówczesnego proboszcza parafii księdza Zdzisława Wyrowińskiego, organmistrz Kazimierz Urbański z Bydgoszczy przeprowadził remont organów głównych. Bezinteresowne wsparcie materialne okazali Renata i Heiner Basalyk z Siegsdorfu w Bawarii. Kolejny remont staraniem proboszcza księdza prałata Marka Rumińskiego przeprowadził zakład organmistrzowski Mariana Nawrota z Wronek. Wymieniono wtedy zużyte elementy traktury, uporządkowano i nastrojono zespoły dźwięku I manuału i pedału.