Powodem tego było stosunkowo słabe jak na pancernik uzbrojenie. Niemcy zamierzali zwiększyć siłę ognia poprzez zastąpienie wież z potrójnymi działami kalibru 280 mm wieżami z podwójnymi działami kalibru 380 mm, lecz potrwałoby to za długo, więc modernizacje odrzucono. Przeznaczone pierwotnie dla „Scharnhorsta” działa znalazły się ostatecznie na pokładzie pancernika Bismarck.

Wojna wybuchła, zanim prace nad poprawkami zakończyły się. Na pierwszą misję „Scharnhorst” został wysłany pod koniec listopada na południe od Islandii. Wraz z „Gneisenau” miał atakować jednostki brytyjskie. W czasie tej akcji okręty zatopiły krążownik pomocniczy HMS „Rawalpindi”.

Operacja Nordmark W lutym 1940 r. wraz z „Gneisenau”, ciężkim krążownikiem „Admiral Hipper” i niszczycielami „Wolfgang Zenker”, „Wilhelm Heidkamp” oraz „Karl Galster” został wysłany, by atakować konwoje brytyjskie między Bergen a Wielką Brytanią. Operacja ta nie przyniosła zamierzonego efektu, gdyż żaden statek nie został posłany na dno (jedynie U-Bootom udało się zatopić 12 statków handlowych o łącznym tonażu 38.000 BRT i niszczyciel HMS „Daring”).