Moïse został wybrany następcą prezydenta Michela Martelly’ego, który na mocy konstytucji nie mógł kandydować w wyborach prezydenckich w październiku 2015 roku. Według oficjalnych wyników Moïse otrzymał w pierwszej turze 33% głosów – więcej niż którykolwiek inny kandydat. Wyniki te zakwestionował Jude Célestin, który zajął drugie miejsce. Jego zwolennicy i wyborcy pozostałych kandydatów rozpoczęli protesty. Obowiązkową drugą turę wielokrotnie przekładano, co powodowało coraz gwałtowniejsze protesty. Wyniki wyborów ostatecznie unieważniono. Wraz z wygaśnięciem kadencji Martelly’ego parlament mianował w lutym 2016 roku Jocelerme’a Priverta pełniącym obowiązki prezydenta przed nowymi wyborami zaplanowanymi na listopad. W tych wyborach Moïse otrzymał 56% głosów, co wystarczyło, aby uniknąć drugiej tury. Moïse objął urząd 7 lutego 2017 roku.
Za kadencji Moïse’a niepokoje polityczne i przemoc na tle politycznym były częstym zjawiskiem. Podczas jego rządów doszło także do kilku gwałtownych protestów antyrządowych. Nowe wybory parlamentarne powinny były odbyć się w październiku 2019 roku, ale ze względu na spory polityczne nie zostały zorganizowane, wskutek czego Moïse rządził za pomocą dekretów prezydenckich.