W dniu 22 listopada 2016 Shin został mianowany menadżerem reprezentacji Korei Południowej do lat 20 w celu przygotowania się do Mistrzostw Świata FIFA do lat 20 na własnym terenie. Na mundialu Korea Południowa zajęła drugie miejsce w swojej grupie z 6 punktami i awansowała do fazy pucharowej, ale przegrała z Portugalią w 1/8 finału.
4 lipca 2017 Shin został menadżerem drużyny seniorów. Poprowadził drużynę narodową na Mistrzostwach Świata 2018. W tej samej grupie zostali wylosowani ze Szwecją, Meksykiem i obrońcami tytułu Niemcami. Korea Południowa przegrała 0:1 ze Szwecją i 1:2 z Meksykiem, ale pokonała Niemcy 2:0.
28 grudnia 2019 został selekcjonerem reprezentacji Indonezji. W czerwcu 2022 poprowadził Indonezję do zakwalifikowania się do Pucharu Azji 2023.
Indonezja w pierwszym meczu turnieju zmierzyła się z Irakiem, przegrywając 1:3. W drugim meczu Indonezja zmierzyła się z Wietnamem, rywalem z Azji Południowo-Wschodniej i pokonała ich 1:0. W ostatnim meczu fazy grupowej Indonezja przegrała 1:3 z najwyżej notowaną azjatycką drużyną, Japonią.
Pomimo dwóch porażek w fazie grupowej Indonezji udało się awansować do 1/8 finału.