Henryk Ferdynand Hoyer (ur. 13 lipca 1864 w Warszawie, zm. 17 października 1947 w Krakowie) – lekarz, zoolog, anatom, profesor anatomii porównawczej na UJ 1894–1934, rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego, członek i wiceprezes Polskiej Akademii Umiejętności.
Życiorys Był synem Ludwiki z Wernerów i Henryka Fryderyka, twórcy histologii polskiej, profesora Uniwersytetu Warszawskiego.
Po ukończeniu gimnazjum niemieckiego w Bydgoszczy studiował na Uniwersytecie we Wrocławiu oraz na Uniwersytecie w Strasburgu, gdzie uzyskał doktorat w 1892, Uniwersytecie Fryderyka Wilhelma w Berlinie. Następnie pracował jako asystent Alberta Köllikera na Uniwersytecie w Würzburgu i Gustava Schwalbego w Strasburgu. W 1894 przeniósł się do Krakowa, gdzie otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego i objął posadę kierownika Katedry Anatomii Porównawczej. W 1904 został mianowany profesorem zwyczajnym. W latach 1909–1910 pełnił funkcję dziekana Wydziału Filozoficznego, w 1929–1930 rektora, a w 1930–1931 prorektora UJ.
Od 1902 członek korespondent Akademii Umiejętności oraz Polskiej Akademii Umiejętności, od 1920 członek czynny PAU.