20 lipca 1945 roku, przybył na Okinawę, gdzie otrzymał najwyższe dowództwo bazy przemysłowej budowanej dla zapewnienia napraw okrętów biorących udział w przygotowywanej ostatecznej inwazji na Japonię. Niecałe dwa miesiące później, dwie bomby atomowe zakończyły jednak wojnę z Japonią, w związku z czym w listopadzie 1945 roku baza została zamknięta, a Rickover powrócił do USA.
Era energii atomowej