Dołączyła do Sea‐Watch, niemieckiej organizacji pozarządowej pomagającej imigrantom na Morzu Śródziemnym. W czerwcu 2019 była kapitanem należącego do niej statku „Sea-Watch 3”. 12 czerwca załoga przyjęła na pokład grupę kilkudziesięciu imigrantów dryfujących na tratwie u wybrzeży Libii. Organizacja Sea‐Watch odmówiła wysadzenia ich w tym kraju, motywując to względami bezpieczeństwa. Tymczasem władze włoskie wprowadziły zakaz przyjmowania przez porty statków z imigrantami pod groźbą kar finansowanych i konfiskaty. Doprowadziło to do kryzysu, który zyskał międzynarodowy rozgłos. Europejski Trybunał Praw Człowieka odrzucił w tym samym miesiącu złożony w imieniu imigrantów wniosek o interwencję. Po kilkunastu dniach Carola Rackete skierowała statek na Lampedusę, co motywowała stanem zdrowia przewożonych imigrantów. Do portu mimo zakazu wpłynęła 29 czerwca. Tego samego dnia została zatrzymana; zarzucono jej pomoc w nielegalnej migracji i naruszenie przepisów międzynarodowego prawa morskiego.