Pierwszymi nauczycielami muzyki młodego Stojowskiego byli: Alfred Kołaczkowski, Henryk Bobiński, Stanisław Dybowski i Antoni Płachecki. W okresie gdy rodzina Stojowskich mieszkała w Krakowie, młody Zygmunt uczęszczał do gimnazjum św. Anny a lekcji muzyki udzielał mu Władysław Żeleński. Matka, Maria Stojowska prowadziła w domu muzyczny salon. Odwiedzały go międzynarodowe sławy: Hans von Bülow, Anton Rubinstein, Moriz Rosenthal i Józef Hofmann. Tu właśnie w 1884 14-letni Zygmunt spotkał o 10 lat starszego Ignacego Paderewskiego, z którym później przyjaźnił się przez całe życie.
W 1887 Stojowski rozpoczął studia muzyczne w Paryżu. Uczył się pod kierunkiem wielu znanych muzyków jak Louis Diémer (fortepian), Léo Delibes (kompozycja) i Théodore Dubois (harmonia). Oprócz muzyki studiował także na Sorbonie filozofię, literaturę i języki. Stojowski władał angielskim, niemieckim, rosyjskim, francuskim, łaciną, starożytną greką i językiem polskim.