został wydalony z Francji do Niemiec po tym, jak znaleziono przy nim instrukcje produkcji materiałów wybuchowych (Cohn-Bendit był wówczas obywatelem Niemiec). Po deportacji zamieszkał we Frankfurcie nad Menem, gdzie został redaktorem naczelnym lewicowej gazety „” (był nim do 1990). Przyjaźnił się z Joschką Fischerem – związani byli z alternatywnym klubem i założyli ugrupowanie „” (Walka Rewolucyjna).

W 1972 roku zatrudniony został we frankfurckim przedszkolu alternatywnym. Pracował w nim ponad 2 lata. W latach 80. zaangażował się w działalność w niemieckiej partii Zielonych. W latach 1989–1994 kierował nowo powołanym miejskim Urzędem ds. Wielokulturowości we Frankfurcie.

Poseł do Parlamentu Europejskiego od 1994 do 2014 r. Należał do Grupy Zielonych – Wolny Sojusz Europejski. W wyborach w 1999 r. wszedł do Parlamentu Europejskiego z listy francuskich Zielonych, w 2004 – z listy Zielonych niemieckich, zaś w 2009 ponownie we Francji, z listy skupionej wokół Zielonych koalicji Europe Écologie. W kadencjach 1999–2004 i 2004–2009 oraz 2009-2014 współprzewodniczący Grupy. Członek Komisji Gospodarczej i Monetarnej oraz Komisji Spraw Konstytucyjnych Parlamentu Europejskiego.