Struktura Podstawowymi jednostkami organizacyjnymi SH są gromady zuchowe i drużyny harcerskie. Mogą łączyć się dobrowolnie w szczepy. Obecnie w SH funkcjonuje 5 szczepów i 2 tzw. środowiska, niespełniające formalnych wymogów istnienia szczepu.
Terenowymi jednostkami organizacyjnymi SH są hufce. Hufiec jest wspólnotą gromad, drużyn i innych jednostek organizacyjnych, nadzoruje i wspiera pracę drużyn, prowadzi kształcenie drużynowych i funkcyjnych oraz organizuje akcję letnią i zimową. Obecnie Stowarzyszenie Harcerskie składa się z dwóch hufców:
Hufiec Harcerek „Sad” im. Powstania Warszawskiego – zrzeszający wszystkie zuchny, harcerki i instruktorki SH Hufiec Harcerzy im. Powstania Warszawskiego - zrzeszający wszystkie zuchy, harcerzy i Instruktorów SH
W rocznicę upadku Powstania Warszawskiego, 2 października, obchodzone jest co roku Święto Hufców, a tradycyjnie - harcerze i zuchy rozstawiają tego dnia znicze wzdłuż tras kanałów, którymi poruszali się Powstańcy Warszawscy (akcja nazywana "Światłami Pamięci").
Władze Władzami Stowarzyszenia Harcerskiego są:
zjazd SH – najwyższa władza organizacji, naczelnictwo SH – jest zarządem stowarzyszenia i stanowi najwyższą władzę stowarzyszenia między zjazdami, naczelnik SH, sąd harcerski SH, komisja rewizyjna SH.