W XII wieku, w okresie panowania Seldżuków kompleks świątyni został przebudowany na cytadelę (1132–1133), a propyleje przekształcono na fortyfikacje, wznosząc półokrągły bastion. Mimo dokonanych później zniszczeń (m.in. rabunek obiektów z brązu i innych elementów użytkowych), sanktuarium przez kolejne stulecia zachowało się w stosunkowo dobrym stanie, zasiedlone następnie przez miejscową ludność. W celli świątyni urządzono meczet, który funkcjonował do 1929 roku. Do lat 30. XX wieku cały okrąg świątynny (temenos) zabudowany był domostwami wioski arabskiej. Podjęcie eksploracji i wstępnych prac archeologicznych wymagało przesiedlenia mieszkańców i oczyszczenia oraz uporządkowania terenu. Inicjatorem i organizatorem tego przedsięwzięcia był odpowiedzialny od 1929 roku za starożytności Libanu i Syrii Henri Seyrig, który dokonał również pierwszych badań nad architekturą i historią budowy świątyni. Od maja 1930 roku kosztem 2 mln franków nastąpiło przemieszczenie i osiedlenie dotychczasowych mieszkańców świątyni w nowo wybudowanej wiosce Tadmor na skraju oazyErnest Will: Notice sur la vie et les travaux d’Henri Seyrig, membre de l’Académie. „Comptes rendus des séances de l’Académie des Inscriptions et Belles-Lettres” 137 (1993), nr 2, s.