Po aresztowaniu jej matkę, siostry i kuzynki w 1941 podczas wiosennej „wsypy” Okręgu, poczuła się zagrożona, tym bardziej że poszukiwało ją gestapo rozsyłając listy gończe z wyznaczeniem nagrody pieniężnej, więc otrzymała rozkaz wyjazdu do Warszawy używając tam nazwiska Janina Dębska. W lipcu została rozpoznana i po aresztowaniu osadzona na Pawiaku, ale podczas śledztwa niczego nie ujawniła. Była tam przetrzymywana przez rok, a później na Montelupich, skąd 11 lipca 1942 przewieziono ją do Oświęcimia, gdzie otrzymała nr 8549. Od początku 1943 wykonywała prace w znajdującym się w pobliżu Rajsku, w którym Niemcy utworzyli Stację Doświadczalną Roślin i Instytut Higieny. Do momentu ewakuacji obozu współpracowała z działającą tam Antoniną Piątkowską, przekazującej Helenie spisy nowych transportów wysyłanych przez nią dalej poza teren obozu. Uczestniczyła w akcji przekazywania informacji z radia i gazet, do których mogły dotrzeć więźniarki z Rajska, a także w akcji dożywiania dzieci jarzynami, które były tam hodowane. Helena była od lata 1943 zaprzysiężona do pierwszej piątki kobiecej konspiracyjnego Związku Organizacji Wojskowej razem z Wiktorią Klimaszewską, Antoniną Piątkowską, Zofią Bratro i Stanisławą Rachwałową. W późniejszym okresie została włączona do zespołu tzw. „królików” obozowych.