Kierownictwo urzędu w początkowym okresie funkcjonowania objął Jan Chmielewski. Jako Dyrektor GUPP wydał on 24 lipca 1945 r. okólnik nr 13 informujący wojewodów i pełnomocników rządu o tymczasowej organizacji terenowej w zakresie planowania regionalnego. Zgodnie z okólnikiem funkcje komisji i biur regionalnego planu zabudowania (przewidzianych w przepisach przedwojennych.) do momentu wydania nowych regulacji prawnych pełniły w urzędach wojewódzkich regionalne urzędy planowania przestrzennego z dyrektorami na czeleDz. Urz. Min. Odb. z 1945 r. Nr 1, poz. 20..
Dekretem z 2 kwietnia 1946 r. wprowadzono przepisy dotyczące planowego zagospodarowania przestrzennego kraju, ustalające trzystopniowy system planowania (plan krajowy, plany regionalne i plany miejscowe) oraz organizację władz w tym zakresie. Na czele urzędu stanął Prezes GUPP mianowany przez Prezydenta Krajowej Rady Narodowej na wniosek Rady Ministrów. Po wejściu dekretu w życie stanowisko to objął Michał Kaczorowski, łącząc je od tej pory z funkcją Ministra OdbudowyTadeusz Mołdawa, Ludzie władzy 1944–1991. Władze państwowe i polityczne Polski według stanu na dzień 28 II 1991, Warszawa 1991, s. 196, 235.. Oprócz niego w skład kierownictwa urzędu wchodzili dwaj wiceprezesi: Jan Chmielewski (od 1946 r.) oraz Józef Zaremba (od 1947 r.)Aleksander Kochański, Polska 1944–1991.