Parafia powróciła tu około 1865.
W 1838 hrabia Edmund Skarżyński ufundował obecną plebanię.
Trzecią, obecną, świątynię postawiono we wsi według projektu Józefa Piusa Dziekońskiego z inicjatywy księdza Jana Krzyżewskiego, którego rodzice sprzedali na ten cel swój majątek Krzyżewy. Budowę wsparli też właściciele Popowa, Stanisława i Maria z Orsettich Skarżyńscy. Maria Skarżyńska była pomysłodawczynią zaprojektowania tego kościoła dokładnie nawiązującego do struktury późnogotyckiego kościoła św. Mikołaja w Lounach. Budowano go od 1900 do 1904 lub 1905 roku. Kościół został konsekrowany 29 kwietnia 1909 przez biskupa płockiego, Antoniego Juliana Nowowiejskiego.
23 sierpnia 2018 r. zostało utworzone w Popowie przez bp. Piotra Liberę Diecezjalne Sanktuarium Matki Bożej Popowskiej, Matki Nadziei. Obraz maryjny w kościele koronował bp Roman Marcinkowski (korony pobłogosławił papież Franciszek 3 marca 2015). Świątynię odwiedził 23 sierpnia 2020 nuncjusz apostolski Salvatore Pennacchio, przewodnicząc uroczystości z okazji 5. rocznicy koronacji obrazu.