Status mały|lewo|Konkurencja z kotikami subantarktycznymi to potencjalne zagrożenie dla pingwinów długoczubych W Czerwonej księdze gatunków zagrożonych IUCN pingwin długoczuby jest klasyfikowany jako gatunek zagrożony (ang. EN – Endangered). Całkowita liczebność populacji sięga 265 000 par lęgowych, a większość osobników gniazduje na atlantyckich wyspach – ok. 233 400 par lęgowych. Dla porównania na wyspach Oceanu Indyjskiego gnieździ się mało ptaków – w 1993 roku na wyspie Amsterdam doliczono się 24 890 par, a na Wyspie Świętego Pawła – 9023. Z wiarygodnych badań miejsc lęgowych wynika, że od połowy lat 70. XX w. światowa populacja zmniejszyła się o 55–60%; spadkowi towarzyszy niski wskaźnik sukcesu lęgowego.
Prawdziwe przyczyny spadku liczby tych pingwinów są nadal nieznane. Powszechnie zbierano jaja aż do lat pięćdziesiątych XX wieku, np. na Tristan da Cunha (i prawdopodobnie nadal na Nightingale); w niektórych miejscach lęgowych, takich jak Wyspa Świętego Pawła i Tristan da Cunha, osobniki były kiedyś łowione jako przynęta do łowienia krabów.