Pomimo tych utrudnień statki z towarem z Braniewa docierały do Holandii, Danii i Szwecji. Do końca XVIII wieku, mimo kryzysu gospodarczego powodowanego wojnami szwedzkimi, Braniewo pozostawało ciągle ośrodkiem handlu dalekomorskiego. Najpotężniejszym braniewskim armatorem był Johann Oestreich (1750–1833), który w ciągu ponad 40 lat doszedł do ogromnego majątku, zajmując się głównie handlem przędzą lnianą. Sam posiadał dwa statki „Braunsberg” i „Vigillante”, które pływały z przędzą do portów europejskich, a nawet do Ameryki Północnej.
10 lipca 1626 podczas marszu wojsk króla Gustawa na Braniewo przedmieście Koźlin, do którego należała część portowa, zostało spaloneBraunsberg im Schwedenkrieg von Dr. Franz Hipler w ZGAE Achter Band, Braniewo 1886, s. 114. 27 maja 1700 wybuchł pożar w domu rozrywki (Lusthaus) należącym do, związanego z radą miasta, Georga Lunitza, ogień objął jeszcze 7 innych domów leżących nad Pasłęką. Pożar ten miał jednak pozytywne następstwa, gdyż postanowiono wówczas, że mieszkańcy mają pokryć wszystkie domy dachówką zamiast strzech oraz zatrudnić kominiarza. Kolejne wielkie pożary wybuchały w latach 1845 i 1861.
Po pożarach drewniane spichlerze zostały zastępowane spichlerzami o konstrukcji ryglowej (fachwerkowej, potocznie określanej jako „mur pruski”).