Ochronie podlegają siedliska oraz zamieszkujące je gatunki zwierząt i roślin. Należą do nich m.in. żółwie – narażony na wyginięcie żółw skórzasty (Dermochelys coriacea) oraz żółwie morskie – krytycznie zagrożony żółw szylkretowy (Eretmochelys imbricata) i zagrożony wyginięciem żółw jadalny (Chelonia mydas). Laguna znana jest również jako miejsce wylęgu (Panulirus argus).
Otaczający lagunę ląd zamieszkuje żabuti czarny (Geochelone carbonaria) oraz daniel zwyczajny (Dama dama). Wyspę porasta kokkoloba gronowa (Coccoloba uvifera) i .
Awifauna thumb|left|Fregata wielka (2009) Obszar laguny stanowi największą na Karaibach kolonię lęgową fregaty wielkiej (Fregata magnificens), która według szacunków liczyła w marcu 2008 roku 1743 gniazda i ok. 5300 osobników. Rezerwat poświęcony temu gatunkowi (Barbuda Frigate Bird Sanctuary) jest główną atrakcją turystyczną Barbudy i w 2004 roku odwiedziło go 4250 turystów. Oprócz tego Codrington Lagoon zamieszkuje licząca ok. 200 osobników populacja bliskiej zagrożenia drzewicy karaibskiej (Dendrocygna arborea) oraz mewy karaibskiej (Larus atricilla) – do 1000 osobników.