Okresowo zalatują tu fregata orla, głuptak maskowy i czerwononogi oraz faeton białosterny; prawdopodobnie z kolonii na Wyspie Wniebowstąpienia położonej 2500 km na południowy zachód od Wysp Świętego Tomasza i Książecej.
Ssaki Wyspy Książęcej reprezentowane są przez 5 gatunków rodzimych (w tym dwa endemity – zębiełka oraz jeden gatunek mroczka z rodzaju Neoromicia) oraz gatunki zawleczone przez człowieka, m.in. szczura śniadego i wędrownego, mysz domową oraz zwierzęta domowe i gospodarskie, w tym koczkodany rzeczne (Cercopithecus mona) sprowadzone na wyspę do celów łowieckich. Endemitami Wyspy Książęcej oraz wysp Pedras Tinhosas są również 3 gatunki płazów (m.in. zagrożony wyginięciem Leptopelis palmatus) oraz 9 gatunków gadów (m.in. i ). Na plażach gniazdują żółwie morskie, w tym żółw szylkretowy (Eretmochelys imbricata), żółw jadalny (Chelonia mydas), żółw skórzasty (Dermochelys coriacea) i żółw oliwkowy (Lepidochelys olivacea). W wodach otaczających archipelag pływają m.in. orki, butlonosy, kaszaloty, delfinki tropikalne oraz humbaki.