Pozostała w Auschwitz nawet wtedy, gdy mąż został oddelegowany do Berlina jako komendant KL Oranienburg. Auschwitz traktowała jako swój dom. Mówiła, że to raj na ziemi, że mogłaby tu umrzeć. W listopadzie 1944, gdy Armia Czerwona zbliżała się do Oświęcimia, wraz z dziećmi przeprowadziła się do Ravensbrück. Na wieść o samobójstwie Adolfa Hitlera małżonkowie rozważali to samo rozwiązanie, ale zrezygnowali ze względu na dzieci.
Po II wojnie światowej wraz z dziećmi została ukryta przez męża w cukrowni w St. Michaelisdonn, on sam jako marynarz pracował na farmie. Rodzina czekała na okazję do ucieczki do Ameryki Południowej. W marcu 1946, gdy przybyli tu Brytyjczycy, Hedwig Höß została przesłuchana. Miejsce ukrycia Rudolfa Hößa wyjawiła po tym, jak alianci zagrozili wysłaniem dzieci na Sybir.
Rodzina została zamknięta w areszcie. Gdy najstarszy syn Klaus Höß znalazł pracę w Stuttgarcie, zabrał matkę i rodzeństwo. Potem wyemigrował do Australii.
Hedwig Höß została przesłuchana 19 listopada 1964 w drugim procesie oświęcimskim. Twierdziła, że jest gospodynią domową w Ludwigsburgu. Oznajmiła, że mieszkała z mężem w Auschwitz. Na większość pytań odpowiada, że nie wie lub nie pamięta. Pobierała rentę z tytułu pracy męża w SS, rentę z tytułu szkód wojennych oraz rentę dla sierot i wdów.