Wiosną 1940 roku objął dowództwo nad drużyną dywersyjno-partyzancką Związku Walki Zbrojnej obwodu oświęcimskiego, liczącą około 12 ludzi.
W wyniku rozbicia obwodu oświęcimskiego ZWZ/AK przez Gestapo w październiku 1942 roku drużyna Jamroza straciła sześciu żołnierzy. Po reorganizacji obwodu, wiosną 1943 roku awansowany został do stopnia sierżanta, objął jednocześnie stanowisko zastępcy dowódcy Zgrupowania Partyzanckiego „Sosienki”. Wspólnie z kpt. Janem Wawrzyczkiem przyjmował przysięgę od partyzantów w sosnowym młodniku w Bielanach, od którego oddział przyjął swoją nazwę. Po dokonaniu podziału zgrupowania na kompanie, „Maczuga” objął dowództwo nad pierwszą z nich, pełniąc nadal funkcję zastępcy dowódcy oddziału. Po kolejnej reorganizacji stanął na czele 3 „oświęcimskiej” kompanii OP „Sosienki”. Pracując w rodzinnej miejscowości u jednego z niemieckich gospodarzy nazwiskiem Cerkwas, bez wzbudzania podejrzeń w czasie prac gospodarskich organizował bunkry i ziemianki leśne oraz schrony w specjalnie spreparowanych w tym celu stertach słomy. W tych melinach znajdowali schronienie zarówno więźniowie-uciekinierzy z obozu Auschwitz, jak i zagrożeni dekonspiracją partyzanci. Jan organizował także przerzut osób do Generalnego Gubernatorstwa oraz do innych oddziałów partyzanckich.