Program klienta SSH jest zwykle używany do nawiązywania połączeń z demonem SSH akceptującym połączenia zdalne. Oba są powszechnie obecne w większości nowoczesnych systemów operacyjnych, w tym w macOS, większości dystrybucji Linuksa, OpenBSD, FreeBSD, NetBSD, Solaris i OpenVMS. Warto zauważyć, że Windows jest jednym z niewielu nowoczesnych systemów operacyjnych na komputery / serwery, które domyślnie nie zawierają SSH. Dostępne są zamknięte, bezpłatne i otwarte oprogramowania (np. PuTTY i OpenSSH) o różnych poziomach złożoności i kompletności. Menedżer plików (np. Konqueror) może wykorzystać protokół FISH aby zapewnić graficzny interfejs użytkownika. Program WinSCP zapewnia podobne zarządzanie plikami (synchronizacja, kopiowanie, zdalne kasowanie) za pomocą PuTTY. Zarówno WinSCP jak i PuTTY są dostępne w pakiecie do uruchamiania bezpośrednio z dysku USB, bez konieczności instalacji na komputerze klienta. W systemie Windows konfiguracja serwera SSH zazwyczaj wymaga instalacji (np. poprzez Cygwin).
SSH jest ważny dla przetwarzania danych w chmurze, aby rozwiązać problemy z łącznością, unikając problemów bezpieczeństwa związanych z eksponowaniem wirtualnej maszyny w chmurze.