W 2006 roku jako nowy standard została przyjęta poprawiona wersja protokołu, zwana SSH-2. Wersja ta została napisana całkowicie od nowa i nie jest kompatybilna z SSH-1. SSH-2 wprowadziło nowe mechanizmy wymiany kluczy oraz zmieniło strukturę protokołu, który został podzielony na oddzielne warstwy, podobne do protokołu ISO/OSIO'Reily Secure Shell, The Definitive Guide. Lepsze bezpieczeństwo zapewnia protokół Diffiego-Hellmana i silne sprawdzanie integralności za pomocą kodów uwierzytelniania wiadomości. Nowe funkcje SSH-2 obejmują możliwość uruchamiania dowolnej liczby sesji na jednym połączeniu SSH.
OpenSSH i OSSH W 1999 roku deweloperzy, chcąc mieć dostępną wersję darmową oprogramowania, powrócili do starszej wersji 1.2.12 oryginalnego programu SSH, który był ostatnim wydanym na licencji open source. Następnie z tej bazy kodu opracowano OSSH. W następnej kolejności programiści OpenBSD rozwinęli kod Grönvalla i pracowali nad nim tworząc OpenSSH, który został wydany wraz z wersją 2.6 OpenBSD. Od tej wersji zaczęto przenosić OpenSSH do innych systemów operacyjnych.
Od roku 2005, OpenSSH był najbardziej popularną implementacją SSH, domyślnie spotykaną w wielu systemach operacyjnych. OSSH tymczasem stał się przestarzały.