Wewnętrzna warstwa śekscypulum gruba, zbudowana z małych, kulistych komórek, warstwa zewnętrzna cienka, zbudowana z komórek o teksturze globulosa-angularis i wymiarach 7–11 × 5,5–10 µm z mało widocznym pigmentem. Parafizy cylindryczno-nitkowate, septowane, przewyższające worki, o szerokości 2,5–4 µm, ze szklistymi wakuolami, o szklistych, nie napęczniałych końcach. Worki 62–72 × 15,5–18,5 μm, 8-zarodnikowe, jednorzędowe, maczugowate, często z zakrzywionymi wierzchołkami, o ścianach w odczynniku Melzera barwiących się na ciemnoniebiesko. Osadzone są długim trzonku (ok. 14,5 μm) i mają wieczko. Askospory 11,5–14 × 5–7 μm, jednokomórkowe, elipsoidalno-wrzecionowate, nieco asymetryczne, z okrągłymi lub ściętymi wierzchołkami, w okresie dojrzałości fioletowobrązowe, gładkie lub drobno kropkowany. Tworzą zwarte skupiska o wymiarach 31,5–35 × 11,5–13,5 μm, zwykle otoczone cienką, szklistą, galaretowatą otoczką.
Saccobolus depauperatus jest podobny do Saccobolus versicolor, ten ostatni jednak ma większe apotecja i worki, askospory występują pojedynczo lub w skupiskach, a ekscypulum ma teksturę intricata.