Pierwszego gola ligowego w seniorskiej drużynie Levante Pubill strzelił 5 lutego 2023 roku w ramach 26. kolejki Segunda Divisón w meczu z FC Cartageną. Dokonał tego w 47. minucie, a asystował mu Jorge de Frutos. Był to gol otwierający wynik spotkania, które ostatecznie zakończyło się wygraną Levante 2:1.
UD Almería 9 sierpnia 2023 roku hiszpański klub UD Almería kupił Marca Pubilla za 5 mln €, a ten związał się z klubem sześcioletnią umową.
Swój debiut w barwach Indálicos zaliczył 11 sierpnia 2023 roku w meczu 1. kolejki La Ligi z Rayo Vallecano, w którym wszedł z ławki w 66. minucie za Alejandro Pozo. Spotkanie to zakończyło się wynikiem 0:2 dla Rayo.
Pubill pierwsze ligowe trafienie zaliczył 18 lutego 2024 roku w ramach meczu 25. kolejki Primera División przeciwko Granadzie CF. Do siatki trafił w 9. minucie. Asystował mu Sergio Arribas, a spotkanie to skończyło się ostatecznie wynikiem 1:1. Pubill zagrał cały mecz.
Atlético Madryt 23 lipca 2025 roku Atlético Madryt ogłosiło pozyskanie Marca Pubilla za kwotę 16 milionów €.