Warunki środowiskowe i stan troficzny jeziora Mimo niewielkiej głębokości Skanda charakteryzuje się występowaniem typowych dla okresu letniego pięter termicznych. Epilimnion sięga 4–6 m, poniżej występuje termoklina, która oddziela mieszające się w czasie lata wody epilimnionu od szczątkowego (2-3 metrowej miąższości) hypolimionu.
Ze względu na warunki tlenowe w jeziorze, a zwłaszcza silne deficyty w warstwach naddennych, dużą ilość chlorofilu „a”, substancji organicznych i związków biogennych jezioro Skanda należy zaliczyć do zbiorników silnie zeutrofizowanych. Jezioro Skanda już w latach 80. XX wieku osiągnęło poziom zanieczyszczenia powodujący uruchomienie wewnętrznego źródła zasilania. Dlatego mimo wyraźnego zmniejszenia ilości związków biogennych pochodzących ze zlewni, jakość wód utrzymuje się na tym samym, niskim poziomie.
Ocena podatności na degradację Jezioro Skanda wykazuje przeciętną podatność na degradację (II kategoria). Czynnikami najbardziej niekorzystnymi są: mała pojemność jeziora w porównaniu z długością linii brzegowej i niski procent wód zajmowanych przez hypolimion.