W 2004 roku Gary Stiles zaproponował wydzielenie podgatunku Coeligena bonapartei eos jako odrębnego gatunku Coeligena eos, jednak South American Classification Committee (SACC) jednogłośnie odrzucił propozycję. Obecnie (2025) systematyka elfika złotobrzuchego nadal jest sporna. Między innymi Międzynarodowy Komitet Ornitologiczny, AviList, Zoonomen, BirdLife International, Birds of the World czy Clements Checklist of Birds of the World traktują podgatunki elfika złotobrzuchego jako odrębne gatunki. Natomiast Integrated Taxonomic Information System i autorzy Kompletnej listy ptaków świata wyróżniają trzy podgatunki: C. (b.) consita Wetmore & Phelps,WH,Jr., 1952 – elfik rdzawoskrzydły, C. (b.) bonapartei (Boissonneau, 1840) – elfik złotobrzuchy, C. (b.) eos (Gould, 1848) – elfik złotawy.
Przez długi czas elfik zielony był uważany za kolejny podgatunek elfika złotobrzuchego, jednak badania genetyczne wykazały, że jest odrębnym gatunkiem.
Etymologia Coeligena: epitet gatunkowy Ornismya coeligena Lesson, 1833; „urodzony w niebie, niebiański”, od coelum lub caelum „niebo”;