W 1994 opublikował swoją pierwszą powieść – Siostrę, postmodernistyczną kronikę przemian zachodzących w Czechosłowacji na przełomie lat 80. i 90. W niektórych jej fragmentach Topol nawiązuje do Śmierci na kredyt Louisa-Ferdinanda Céline'a, ale również do tworów kultury masowej. Inne jego powieści to m.in. Nocna praca (2001) oraz Strefa cyrkowa (2005). Z kolei Supermarket bohaterów radzieckich jest zapisem podróży do domu polskiego pisarza Andrzeja Stasiuka. Jego utwory poetyckie są publikowane w wielu krajach, także w Polsce, m.in. w antologiach Czeski underground. Wybór tekstów z lat 1969-1989 (2008), Gdyby wiersze miały drzwi. Antologia młodszej poezji czeskiej ostatnich lat (2005) oraz Maść przeciw poezji (2008) Leszka Engelkinga. W 2008 pisarz był stypendystą Deutscher Akademischer Austauschdienst w Berlinie, a w 2015 otrzymał międzynarodową nagrodę literacką Vilenica.