Dzięki swojemu doświadczeniu jako asystent w doświadczeniach na zwierzętach wkrótce mógł uczyć studentów w tej dziedzinie.
Naki pracował w laboratorium na oficjalnym stanowisku asystenta, technika, a na końcu starszego technika laboratoryjnego do przejścia na emeryturę w 1991. Było to najwyższe stanowisko, jakie uniwersytet mógł mu przyznać w ramach prawa apartheidu. Otrzymał też odpowiednią niską emeryturę biorąc pod uwagę, że jego bardziej wykwalifikowana praca w tamtym czasie nie została upubliczniona. Jego doświadczenie i brak uznania są podobne do innego wszechstronnego technika chirurgicznego, Viviena Thomasa, który pracował z Alfredem Blalockiem nad poprawą wyników chirurgicznych u pacjentów z wadami serca na Uniwersytecie Vanderbilta i Johnsa Hopkinsa. Zarówno Thomas, jak i Naki pracowali w zapomnieniu ze względu na fakt, że byli utalentowanymi czarnoskórymi mężczyznami, którzy wyróżniali się odpowiednio w panującej społecznej segregacji rasowej w Ameryce i systemie apartheidu w RPA. Naki powiedział kiedyś ankieterowi British Broadcasting Corporation: „W tamtych czasach trzeba było zaakceptować to, co mówili, ponieważ nie było innej drogi, ponieważ takie było prawo kraju”. Dopiero po upadku apartheidu w 1994 wkład Naki stał się znany.