Do nowej instytucji przeszła także część pracowników Muzeum w Zabrzu.
Aktualna struktura Muzeum Miejskiego w Zabrzu wyłoniła się podczas kolejnej reorganizacji, dokonanej w 1989 roku. W miejsce dotychczasowych działów historii i kultury regionu oraz plastyki nieprofesjonalnej powstały 3 działy merytoryczne: historii, kultury, plastyki.
W 1992 roku w części dawnych piwnic muzealnych otwarto "Galerię pod Muzeum", której działalność po kilkuletniej przerwie, została w listopadzie 2003 roku reaktywowana.
W ostatnich latach doszło do kilku rewolucyjnych zmian, które całkowicie zmieniły dawny charakter placówki i znaczenie utrudniły jej działalność. 2 sierpnia 2006 roku Powiatowy Inspektor Nadzoru Budowlanego w Zabrzu wydał decyzję o zamknięciu dla zwiedzających budynku muzeum przy pl. Krakowskim 9 oraz nakaz opuszczenia przez kamienicy. Wszystkie eksponaty oraz pracownicy zostali przeniesieni do siedziby tymczasowej, mieszczącej się w dawnym internacie przy ul. 3 Maja 91. Muzeum bezpowrotnie straciło swoją siedzibę, z którą związane było niemal od samego początku swego istnienia i która stanowiła część jego bogatej historii. W oczekiwaniu na przyznanie nowego lokum stałego, placówka realizuje swe podstawowe zadania w otwartej w grudniu 2008 roku niewielkiej galerii Café Silesia przy ul.